코로나19 관련 전담병원으로 지정되어 수령한 손실보상금이 운용소득에 해당하는지 여부

코로나19 관련 전담병원으로 지정되어 수령한 손실보상금은 운용소득에 포함되지 않음

[회신] 의료업을 영위하는 공익법인이「감염병의 예방 및 관리에 관한 법률｣에 따라 코로나19 관련 전담병원으로 지정되어 발생한 손실 등에 대해 수령한 손실보상금은 「상속세 및 증여세법｣ 제48조 제2항 제3호에 따른 운용소득에 해당하지 않는 것입니다. 1. 사실관계 ○ 의료법인 ○○○○○○(이하 ‘질의법인’이라 함)은 ’00.12월에 의료기관을 설치·운영하고 보건의료에 관한 연구 개발 등을 목적으로 설립된 공익법인임 ○ 질의법인은「감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 」 에 따라 코로나19 전담병원으로 지정되어 ’00년 손실 보상금 △△△억 원을 수령함 - ’00사업연도 법인세 신고 시 손실보상금을 익금에 산입하였으나 ’00.0월 경정청구를 신청하여 해당 손실보상금을 익금불산입함 2. 질의내용 ○ 코로나19 관련 전담병원으로 지정되어 수령한 손실보상금이 운용소득에 해당하는지 여부 3. 관련법령 ○ 법인세법 제4조【과세소득의 범위 】 ③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다. 1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등「통계법」제22조에 따라 통계 청 장이 작성ㆍ고시하는 한국표준 산업분류에 따른 사업으로서 대통령 령으로 정하는 것 7. 그 밖에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인한 수입으로서 대통령령 으로 정하는 것 ○ 법인세법 시행령 제3조 【수익사업의 범위】 ① 법 제4조제3항제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호 의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다 1. 축산업(축산관련서비스업을 포함한다)ㆍ조경관리 및 유지 서비스업 외의 농업 (중략) ③ 법 제4조제3항제7호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 「소득세법」 제46조제1항 에 따른 채권등(그 이자소득에 대하여 법인세가 비과세되는 것은 제외한다)을 매도함에 따른 매매익(채권등의 매각익에서 채권 등의 매각손을 차감한 금액을 말한다)을 말한다. 다만, 제1항제8호에 따른 사업에 귀속되는 채권 등의 매매익을 제외한다. ○ 법인세법 기본통칙 4-3…3【수익사업과 비수익사업의 구분】 비영리내국법인의 수익사업과 비수익사업은 해당사업 또는 수입의 성질을 기준으로 구분한다. 수익사업에 속하는 것과 비수익사업에 속하는 것을 예시하면 다음과 같다. 1. 수익사업에 속하는 것 가. 학교법인의 임야에서 발생한 수입과 임업수입 나. 학교부설연구소의 원가계산 등의 용역수입 (중략) 2. 비수익사업에 속하는 것 가. 징발보상금 나. 일시적인 저작권의 사용료로 받은 인세수입 다. 회원으로부터 받는 회비 또는 추천수수료(간행물 등의 대가가 포함된 경우에는 그 대가상당액을 제외한다) 라. 외국원조수입 또는 구호기금수입 마. 업무와 직접 관계없이 타인으로부터 무상으로 받은 자산의 가액 ○ 상속세 및 증여세법 제48조 【공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등】 ② 세무서장등은 제1항 및 제16조제1항에 따라 재산을 출연받은 공익 법인등이 다음 제1호부터 제4호까지, 제6호 및 제8호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 날에 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호 및 제7호에 해당하는 경우에는 제78조제9항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정하기 어려운 재산으로서 대통령 령으로 정하는 재산은 제외한다. (중략) 3. 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우로서 그 운용소득을 직접 공익목적사업 외에 사용한 경우 ○ 상속세 및 증여세법 시행령 제38조 【공익법인등이 출연받은 재산의 사후관리】 (중략) ⑤ 법 제48조제2항제5호에서 운용소득과 관련된 "대통령령으로 정하는 기준금액"이란 제1호에 따라 계산한 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액(이하 이 항에서 "운용소득"이라 한다)의 100분의 80에 상당하는 금액(이하 이 항에서 "사용기준금액"이라 한다)을 말한다. 이 경우 직전 과세기간 또는 사업연도에서 발생한 운용소득을 사용기준금액에 미달하게 사용한 경우에는 그 미달하게 사용한 금액(법 제78조제9항에 따른 가산세를 뺀 금액을 말한다)을 운용소득에 가산한다. 1. 해당 과세기간 또는 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액( 「법인세법」 제29조제1항 각 호 외의 부분에 따른 고유목적사업 준비금과 해당 과세기간 또는 사업연도 중 고유목적사업비로 지출된 금액으로서 손금에 산입된 금액을 포함하며, 다음 각 목의 어느 하나에 해 당하는 금액은 제외한다)과 출연재산을 수익의 원천에 사용함으로써 생긴 소득금액의 합계액 가. 출연재산과 관련이 없는 수익사업에서 발생한 소득금액 나. 법 제48조제2항제4호에 따른 출연재산 매각금액 다. 「법인세법」 제16조제1항제5호 또는 「소득세법」 제17조제2항제4호 에 해당하는 금액(합병대가 중 주식등으로 받은 부분으로 한정한다)으로서 해당 과세기간 또는 사업연도의 소득금액에 포함된 금액 라. 「법인세법」 제16조제1항제6호 또는 「소득세법」 제17조제2항 제6호에 해당하는 금액(분할대가 중 주식으로 받은 부분으로 한정 한다)으로서 해당 과세기간 또는 사업연도의 소득금액에 포함된 금액 2. 해당 소득에 대한 법인세 또는 소득세ㆍ농어촌특별세ㆍ주민세 및 이월결손금 ⑥ 법 제48조제2항제5호에 따른 운용소득의 사용은 그 소득이 발생한 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 1년 이내에 직접 공익목적사업에 사용한 실적(제5항제1호에 따라 해당 과세기간 또는 사업연도 중 고유목적사업비로 지출된 금액으로서 손금에 산입된 금액을 포함 한다)을 말한다. 이 경우 그 실적 및 기준금액은 각각 해당 과세기간 또는 사업연도와 직전 4과세기간 또는 사업연도와의 5년간의 평균금액을 기준으로 계산할 수 있으며 사업개시 후 5년이 경과되지 아니한 경우에는 사업개시 후 5년이 경과한 때부터 이를 계산한다. ○ 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 제36조 【감염병관리기관의 지정 등】 ① 보건복지부장관 또는 시ㆍ도지사는 보건복지부령으로 정하는 바에 따라「의료법」제3조에 따른 의료기관을 감염병관리기관으로 지정 하여야 한다. ② 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 「의료법」에 따른 의료기관을 감염병관리기관으로 지정할 수 있다. ③ 제1항 및 제2항에 따라 지정받은 의료기관(이하 "감염병관리기관"이 라 한다)의 장은 감염병을 예방하고 감염병환자등을 진료하는 시설 ( 이하 "감염병관리시설"이라 한다)을 설치하여야 한다. 이 경우 보건 복지부령으로 정하는 일정규모 이상의 감염병관리기관에는 감염병의 전파를 막기 위하여 전실(前室) 및 음압시설(陰壓施設) 등을 갖춘 1인 병실을 보건복지부령으로 정하는 기준에 따라 설치하여야 한다. ④ 보건복지부장관, 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 감염병관리 시설의 설치 및 운영에 드는 비용을 감염병관리기관에 지원하여야 한다. ⑤ (이하생략) ○ 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 제70조 【손실보상】 ① 보건복지부장관, 시ㆍ도지사 및 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 손실을 입은 자에게 제70조의2의 손실보상심의 위원회의 심의ㆍ의결에 따라 그 손실을 보상하여야 한다. 1. 제36조 및 제37조에 따른 감염병관리기관의 지정 또는 격리소 등의 설치ㆍ운영으로 발생한 손실 1의2. 제39조의3에 따른 접촉자 격리시설의 설치ㆍ운영으로 발생한 손실 2. 이 법에 따른 조치에 따라 감염병환자, 감염병의사환자 등을 진료 한 의료기관의 손실 3. 이 법에 따른 의료기관의 폐쇄 또는 업무 정지 등으로 의료기관 에 발생한 손실 4. 제 47조제1호, 제4호 및 제5호, 제48조제1항, 제49조제1항제4호, 제6호부터 제10호까지, 제12호 및 제13호에 따른 조치로 인하여 발생한 손실 5. 감염병환자등이 발생ㆍ경유하거나 보건복지부장관, 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 그 사실을 공개하여 발생한「국민건강보험법」 제42조에 따른 요양기관의 손실로서 제1호부터 제4호까지의 손실에 준하고, 제70조의2에 따른 손실보상심의위원회가 심의ㆍ의결하는 손실 ② 제1항에 따른 손실보상금을 받으려는 자는 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 손실보상 청구서에 관련 서류를 첨부하여 보건복지부장관, 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 청구하여야 한다. ③ 제1항에 따른 보상액을 산정함에 있어 손실을 입은 자가 이 법 또는 관련 법령에 따른 조치의무를 위반하여 그 손실을 발생시켰거나 확 대시킨 경우에는 보상금을 지급하지 아니하거나 보상금을 감액하여 지급할 수 있다. ④ 제1항에 따른 보상의 대상ㆍ범위와 보상액의 산정, 제3항에 따른 지 급 제외 및 감액의 기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 시행령 제28조 【손실보상의 대상 및 범위 등】 ① 법 제70조제1항에 따른 손실보상의 대상 및 범위는 별표 2의2와 같다. ② 법 제70조의2제1항에 따른 손실보상심의위원회는 법 제70조제1항에 따라 손실보상액을 산정하기 위하여 필요한 경우에는 관계 분야의 전문기관이나 전문가로 하여금 손실 항목에 대한 감정, 평가 또는 조사 등을 하게 할 수 있다. ③ 심의위원회는 법 제70조제1항제1호부터 제3호까지의 손실에 대하여 보상금을 산정하는 경우에는 해당 의료기관의 연평균수입 및 영업이익 등을 고려하여야 한다. ○ 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 시행령 [별표 2의2] 1. 법 제36조 및 제37조에 따른 감염병관리기관의 지정 또는 격리소 등의 설치․운영으로 발생한 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 손실 가. 감염병관리시설의 설치․운영으로 발생하는 비용 나. 감염병환자, 감염병의사환자 등의 치료․진료․격리로 시설․장비 ․ 인력 등을 원래의 목적대로 사용하지 못하게 되는 경우 발생하는 비용 2. 법에 따른 조치에 따라 감염병환자, 감염병의사환자 등을 진료한 의료 기 관의 손실: 해당 의료기관이 감염병환자, 감염병의사환자 등을 진료 ․ 치료․격리함에 따라 발생하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 가. 치료․진료․격리로 시설․장비․인력 등을 사용하게 되는 경우 그 소요비용 나. 치 료․진료․격리로 인해 시설․장비․인력 등을 원래의 목적대로 사용하지 못하게 되는 경우 발생하는 비용